日语五十音图中，除了第一行是元音行以外，其它的九行都是辅音行。虽然叫辅音行，但并不是说辅音行中的每一个音都是辅音，实际上，辅音行中的音是由辅音和元音拼读而成的组合音。五十音图中的辅音行的发音都是清音。
比如「か行」假名所表示的音是由清辅音 [k] 和「あ行」的 5 个元音拼成的。所以 9 个辅音行所对应的辅音实际上分别是 [k]，[s]，[t]，[n]，[h]，[m]，[y]，[r]，[w] 这 9 个辅音。
但这并不是说，这 9 行就只有这 9 个辅音，这 9 个辅音只是作为这 9 行的代表而已。实际上这 9 行一共对应了 14 个辅音，其中多出来的这 5 个辅音只跟某一行中某一个段的元音进行拼读。所以，在学习五十音的时候，你会发现辅音行中某些音的读法是特殊的。这几个音分别是：「し」，「ち」，「つ」，「ひ」，「ふ」，另外，还有一个「す」，它的发音也比较特别。除了这 6 个音的发音较特殊以外，其它的音直接按照汉语拼音的方式去拼读就可以了。
下面先对这几个特殊的音做一下总结。
「し」
「し」在「さ行」的「い段」上，它的辅音 [sh] 的发音跟汉语中的 |x| 相似，所以「し」的发音跟汉语中的 |xi| 是相似的。但是在发音时呼气较弱，形成的摩擦也较弱。
「す」
「す」在「さ行」的「う段」上，虽然「す」的罗马音写作 [su]，但发音却跟汉语中的 |su| 不同。因为日语中的 [u] 的发音是小口型的，嘴唇是不突出的，所以在拼读之后，发音介于汉语中的 |si| 和 |su| 之间，更接近于 |si| 的发音，但并不完全相同。
「ち」
「ち」在「た行」的「い段」上，「ち」的辅音 [ch] 的发音跟汉语中的 |q| 相似，所以「ち」的发音跟汉语中的 |qi| 是相似的。
「つ」
「つ」在「た行」的「う段」上，「つ」的辅音 [ts] 的发音跟汉语中的 |c| 相似，但是「つ」的发音却有着跟「す」一样的情况，它的发音跟汉语中的 |cu| 不同。它跟发音介于 |ci| 和 |cu| 之间，更接近于汉语中 |ci| 的音，但不完全相同。
「ひ」
「ひ」在「は行」的「い段」上，它的罗马音虽然写作 [hi]，但是它的发音由于受到了元音 [i] 的影响，辅音 [h] 发生腭化，即舌面接近硬腭，所以听上去接近于汉语中【嘿】和【西】之间的一个发音，这个音在汉语中找不到对应的字，所以，我也没办法用汉语来准确描述，只能多听听录音，跟着练习了。
「ふ」
「ふ」也在「は行」的「う段」上，它的辅音 [f] 是一个吹气音，而不是一个咬唇音，所以它的「ふ」的发音介于汉语的【夫】和【呼】之间。
除了这 6 个特殊音以外，五十音图的最后三行也有比较特殊的地方需要单独说明一下。
「や行」
「や行」只有三个音，分别在「あ段」、「う段」和「お段」上，至于「い段」和「え段」，对应的仍然是「い」和「え」这两个音。「や行」中的辅音 [y] 和后面 「わ行」中的辅音 [w]，由于摩擦十分微弱，性质更接近元音，所以也被称为半元音。但在音节上，日语的半元音所占的时长很短，从半元音到元音的过度是在瞬间完成的。简单的说，就是在发音时，半元音跟元音一样，只占一个音节而不是两个音节的时长。在后面拗音的学习中，我们会发现，拗音实际上就是由除「や行」和「わ行」以外的行中「い段」上对应的辅音跟这三个音拼读而成的。
「ら行」
「ら行」中，[r] 这个辅音虽然看上去像汉语拼音中的 |r|，但是发音却跟汉语拼音中的 |l| 相似。因为日语中没有卷舌音，所以 「ら」、「り」、「る」、「れ」、「ろ」 的发音听上去跟汉语的【啦】、【哩】、【噜】、【唻】、【咯】几乎是一样的。
「わ行」
「わ行」也比较特殊，只有 2 个音，分别在「あ段」和「お段」上，而「い段」和「え段」原本是有两个假名「ゐ」和「ゑ」的，可是它们的读音后来同化成了「い」和「え」，所以在现代日语中被取消了。这两个音只有在古日语中才能见到了，比如下面这一首和歌：
千早振る
神代も聞かず
竜田川
からくれなゐに
水くくるとは
另外，「を」原本的读音是 [wo]，它在现代日语中同化成了「お」的发音。「を」在现代汉语中不用于单词拼写，只用来做格助词使用。所以，通常你是看不到它的片假名「ヲ」出现在句子中的。除非一个句子表示强调，全部用片假名书写时，你才能看见这个罕见的「ヲ」。
「は」和「へ」
最后再补充一点，「は」和「へ」这两个假名在作为助词使用时，读音会发生变化，其中「は」会读作 [wa]，跟「わ」的发音相同。而「へ」会读作 [e]，跟「え」的读音相同。但是如果在用罗马音输入法打字输入的时候，仍然是使用 [ha] 和 [he] 来输入。至于为什么是这样子的，简单的说，这被叫做「は」行转呼，它是语言发展中的一个历史遗留问题，要详细的说，这个篇幅就长了，这里就不展开了，上网搜索一下助词「は・へ」为何读作「わ・え」就能查到了。
